"...el tiempo que estuve ahí en Tabasco conocí a unos españoles casados o solteros, héles mandado recoger en un muy buen asiento que está a veinte leguas de Santa María de la Victoria en el mismo río Grijalva, y allí tracé el pueblo y di solares y títulos de estancias y tierras, intitulé al pueblo villa Carmona, igualmente tracé la Plaza Mayor sobre una loma a la que intitulé de "La Eminencia", desde donde se divisa muy bien el río(...)En ella hay mucha caza de venados y conejos y patos grandes, y mucha cantidad de pescado y buenas aguas y mucha leña. Entendido tengo que este pueblo irá cada día en aumento y permanecerá por él aquella provincia...“ –Diego de Quijada, 1565.
Según Geney Torruco (1987), en lo referente al área trazada por Diego de Quijada, esta correspondió a las actuales calles de Madero, Juárez, Zaragoza, Lerdo, Reforma, Martínez de Escobar, Vázquez Norte, Aldama, Sáenz y 5 de mayo, donde más tarde se construiría el "Fortín de la Encarnación". La ventaja del terreno era que la villa quedó asentada en tres lomas a las que les llamaron: "La Eminencia" (Plaza de Armas), "Encarnación" (calle 5 de mayo), y "Esquipulas" (calle 27 de febrero).
Para ubicar de manera más precisa estas tres lomas, la loma de la Encarnación tendría su punto más alto en el hoy Parque de los Pajaritos mientras que la loma de la Esquipulas lo tendría en donde hoy se ubican los parques de Hidalgo y Morelos, y en donde anteriormente se encontraba la Catedral de Esquipulas.
Según Geney Torruco (1987), Hacia el año de 1596 siendo Alcalde Mayor de Tabasco Lázaro Suárez de Córdova, quien continuaba despachando en Santa María de la Victoria por ser la capital, y debido a que los piratas habían estado atacando mucho las costas tabasqueñas, manda a construir en San Juan Bautista (hoy Villahermosa) la Casa Fuerte o Almacén Real, a fin de defender la población y salvaguardar los caudales reales. El Almacén Real, estuvo ubicado en lo que son las actuales calles de Juárez, Reforma, Madero y Lerdo. En 1615 se construye la primera iglesia en la plaza mayor, de seto, guano y madera.
No existen planos que registren la ubicación de los predios o construcciones alrededor de la Plaza Mayor, sin embargo, se sabe que la casa consistorial, el ayuntamiento y el palacio de gobierno no tenían edificios propios y estas tareas se realizaban en casas de particulares. Otro dato importante es que las casas en esta época eran de seto y guano, pues eran los materiales con los que se contaba en la región.
El Dr. López Reyes (1980) escribe que, para conmemorar la jura solemne de la Constitución Española de Cádiz en Villa Hermosa, hecho que tuvo lugar el 25 de marzo de 1813 en la que se llamó a partir del año anterior Plaza de la Constitución, se erigió en su centro un obelisco conmemorativo, al que el pueblo no tardó en bautizar con el nombre de Pirámide.
Lamentablemente no existen registros gráficos del aspecto del obelisco, sin embargo, debido a la pobre influencia de la región, se intuye que debe haber sido un monumento poco ornamentado y de pequeñas dimensiones. En cuanto a las nuevas edificaciones se sabe que se construye un nuevo cuartel principal a un costado de la casa de gobierno en 1811, y en ese mismo año se destruye la iglesia en el centro de la plaza (Torruco, 1987).